En los tramos uno y dos, que inician en Salina Cruz, llegan a El Jordán, en Tehuantepec, y de ahí se prolongan hasta La Mata, que está en Asunción Ixtaltepec, desde el primero de abril comenzaron los trabajos para modernizar estas vías que datan de 1907. Cuatro días después, el 5 de abril, el presidente Andrés Manuel López Obrador anunció que pese al avance del coronavirus, los proyectos emblemáticos de su administración seguirían adelante.
En el caso del Transístmico, dijo, ya se modernizan los puertos de Salina Cruz y de Coatzacoalcos.

El argumento es que de Salina Cruz a La Mata, los trabajos ya comenzaron porque se ubican en la zona urbana del Istmo de Tehuantepec y no se requiere de una Manifestación de Impacto Ambiental (MIA), porque se supone que no hay flora ni fauna susceptible de afectación alguna.
Mientras tanto, en los tramos tres, cuatro y cinco, que corresponde a los poblados de La Mata a Mogoñé (San Juan Guichicovi), de Mogoñé a Estación Ubero (Matías Romero) y de Ubero a Medias Aguas (Veracruz), las obras siguen suspendidas debido a que la Semarnat no ha autorizado la Manifestación de Impacto Ambiental (MIA), que presentó la empresa Ferrocarril del Istmo (FIT).
Así lo confirma el edil de San Juan Guichicovi, Raynel Ramírez Mijangos, quien asegura que en las comunidades mixes (ayuujk) de ese municipio aún no empiezan los trabajos de modernización de las vías; sin embargo, las comunidades indigenas de este municipio han denunciado que enfrentan presiones del FIT para que avalen en asambleas el inicio de las obras.
En un oficio dirigido a Víctor Toledo, titular de la Semarnat, la Unión de Comunidades Indígenas de la Zona Norte del Istmo (Ucizoni), acusó que representantes de la empresa acudieron el 13 de abril a los ejidos Mogoñe Viejo, Mogoñe Estación y El Zarzal, a exigir que se convocara a asambleas para levantar actas donde autoricen el arranque de los trabajos, aun sin el aval de la Semarnat.
Tal como lo solicitaron, los integrantes del ejido Mogoñé Viejo, de San Juan Guichicovi, determinaron en una asamblea del 15 de abril que no permitirán que se realicen actividades relacionadas con la modernización del trazo ferroviario y pidieron que una vez que pase la emergencia por el Covid-19, se retome el proceso de consultas indígenas.

Lo mismo piensa Hilario Velázquez, agente municipal de El Zapote, que pertenece al municipio de El Barrio La Soledad. Cuando los funcionarios del FIT acudieron a su comunidad para pedir una asamblea que aprobara el inicio de los trabajos para la modernización de las vías del tren, respondió que “no hay tiempo suficiente para conocer el Plan Transístmico”.
La oposición de las comunidades afectadas por el proyecto no es nueva, pero sí ha sumado voces. Desde el pasado 26 de febrero, las autoridades del ejido de Guichicovi, encabezadas por el presidente Albino Pedro Juan, solicitaron un amparo de la justicia federal, en contra de la rehabilitación de las vías. Argumentaron falta de información.
Según Carlos Beas Torres, asesor de Ucizoni, desde el mes de marzo, en medio de las condiciones complejas generadas por la pandemia, las autoridades del FIT han insistido entre las autoridades agrarias de la zona norte del Istmo y sobre todo entre la nación mixe, que apresuren la realización de asambleas comunitarias para que avalaran el inicio de los trabajos del tren. La presión de una paraestatal contra un pueblo originario.
A pesar de la promesa de este progreso, estas semanas las voces en contra volvieron a sonar. Unas 150 organizaciones sociales, ambientales y políticas de Oaxaca, Veracruz, Tabasco y Chiapas, insistieron en la necesidad de que se suspendan todos los trabajos y manifestaron su rechazo a la “ejecución gradual” del proyecto federal, que llamaron "sigilosa pero persistente", bajo el argumento de que constituye un grave atentado en contra de la naturaleza, de los derechos de los pueblos indígenas y del pueblo negro, así como de la supervivencia de las generaciones futuras de la región del Istmo.
Pese a ello, el viernes pasado, 11 ediles del Istmo, incluido el de San Juan Guichicovi, el núcleo de la resistencia mixe contra el Tren Transístmico, se reunieron con Rafael Marín Mollinedo, director general del Corredor Interoceánico para una presentación del proyecto y la firma de una minuta de acuerdos en la que se anunció que junto con la SHCP, ya se busca la declaración de zonas francas en el Istmo de Tehuantepec.